UNI se organizačně člení na:
- Útvar ředitele UNI
- Centrum polymerních systémů
- Centrum transferu technologií
- Centrum výzkumu obouvání
- další specializované útvary vznikající podle potřeby naplňování činnosti UNI.
Řídicí strukturu UNI tvoří ředitel UNI, ekonom UNI, ředitel Centra polymerních systémů, ředitel Centra transferu technologií a další vedoucí zaměstnanci uvedení ve vnitřní normě UTB podle čl. 6 odst. 3 písm. d) Statutu UTB, kterou vydává ředitel UNI.
Na základě rozhodnutí ředitele UNI se na UNI podle potřeby zřizují poradní sbory a pracovní skupiny.
Poradním sborem ředitele UNI je vedení UNI ve složení:
- ředitel UNI
- ekonom UNI
- ředitel Centra polymerních systémů
- ředitel Centra transferu technologií
- další zaměstnanci UTB podle rozhodnutí ředitele UNI